2020年12月8日，吉林省高级人民法院对中国工程院院士、中国农业大学教授李宁及同案张磊贪污上诉一案进行二审公开开庭审理并当庭宣判。二审维持松原市中级人民法院（2015）松刑初字第15号刑事判决第一项中对被告人李宁犯贪污罪的定罪部分和第二、第三判项，撤销该判决中对李宁的量刑部分，对上诉人李宁以贪污罪改判有期徒刑十年，并处罚金人民币二百五十万元。
松原市中级人民法院判决认定，自2008年7月至2012年2月，被告人李宁利用所担任的中国农业大学教授、中国农业大学农业生物技术国家重点实验室主任、中国农业大学生物学院李宁课题组负责人以及负责管理多项国家科技重大专项课题经费的职务便利，伙同被告人张磊采取侵吞、虚开发票、虚列劳务支出等手段，贪污课题科研经费共计人民币3410万余元，其中贪污课题组其他成员名下的课题经费人民币2092万余元。上述款项均被李宁、张磊转入李宁个人控制的账户并用于投资李宁等参股、控股的多家公司。原审判决认为，二被告人行为均已构成贪污罪。在共同犯罪中，李宁起主要作用，系主犯。张磊起次要作用，系从犯，有坦白情节，且认罪悔罪，可依法对其减轻处罚。一审法院判决：一、被告人李宁犯贪污罪，判处有期徒刑十二年，并处罚金人民币三百万元。二、被告人张磊犯贪污罪，判处有期徒刑五年八个月，并处罚金人民币二十万元。三、扣押的赃款依法予以没收，上缴国库，不足部分继续追缴。宣判后，李宁提出上诉。
吉林省高级人民法院二审审理期间，上诉人李宁自愿认罪认罚，提交了悔罪书，在其辩护律师见证下签署了《认罪认罚具结书》。二审庭审中，李宁对原审判决认定的事实、证据及判决认定的罪名均无异议，当庭表示认罪、悔罪，上诉请求二审法院根据其认罪态度，依法从轻处罚，并愿意接受法院的判罚。根据李宁的认罪态度，检察机关提出了二审的量刑建议。
休庭后合议庭进行了认真评议，认为原审判决认定上诉人李宁、原审被告人张磊犯贪污罪事实清楚，证据确实、充分，定罪准确。审判程序合法。鉴于李宁二审期间认罪认悔罪，对上诉人李宁的量刑应予改判。根据检察机关提出量刑建议，法庭遂作出上述二审判决。
二审开庭，上诉人李宁的近亲属参加了旁听，同时邀请了全国和吉林省部分人大代表、政协委员以及部分媒体代表和社会群众代表旁听了庭审及宣判。
此前报道：中国最年轻院士被羁押5年仍未宣判 85岁老院士再发声
经济观察网 记者 李勃逖从2015年8月20日至2019年8月19日，开庭整整4年了，中国工程院院士、中国农业大学教授李宁一案，迄今仍然没有宣判；而当事人李宁，亦自2014年6月20日，被吉林检方带走后，五年多来一直未获自由。
为此，85岁的中国工程院原副院长、中国工程院院士沈国舫，日前投书媒体，呼吁“司法界人士能挺身出来（就李宁一案）做出决断”。
开庭整4年 法院未宣判
1962年生于江西南昌的李宁，为中国动物生物学方面的著名科学家。2007年，时年45岁的他，即当选为中国工程院院士，为当时中国最年轻的“两院”院士。
2014年6月20日，李宁院士在与他的学生们拍完毕业集体照后，即被吉林省松原市长岭县检察院以配合调查之由带走。后来，检方宣布对李宁予以逮捕，缘由是涉嫌贪污科研经费。
2015年4月，松原市检察院就李宁案，向松原市中院提起公诉。
同年8月20日、21日，此案一审，在吉林省松原市中院连续公开开庭了两天。
松原市检察院指控李宁及其博士生张磊，利用职务上的便利，以虚开发票等方式，贪污科研经费约3756.65万元。
庭审中，李宁的辩护律师北京市炜衡律师事务所的袁诚惠律师和邢嘉然律师，则进行了无罪辩护。
律师认为，李宁案的发生与当年科研经费管理制度不合理密切相关，2014年之前的科研经费管理制度，要求每年年底未用完的经费以及结题后的结余经费都应上交，但由于新一年的课题经费经常出现较长时间的滞后，迫使很多科研人员用假发票等形式将经费留用，以解决来年经费断档期的经费使用问题，否则将导致课题无法继续进行。具体到李宁案中，他为实施科研项目而饲养的那些实验动物群体，都将因科研经费断档，而无法维持存活，“并且，李宁对具体经费操作事宜并不知情，无任何犯罪故意，不符合贪污罪主观方面构成要件。”
律师亦提到，在2014年之后，中国就对科研经费的管理，做出了较大的调整。
2014年3月12日，国务院发布了《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》(国发[2014]11号)，就规定：“年度剩余资金可以结转下一年度继续使用”，项目结题后，符合条件的也可留用。
“按照‘从旧兼从轻’的原则，按照后来的科研经费规定，李宁团队的做法连违规都谈不上，更遑论涉嫌犯罪。”李宁的辩护律师表示。
85岁老院士 为李宁再度公开发声
不过，自2015年8月开庭之后，吉林松原市中级法院一直未就此案进行宣判。
李宁的辩护律师及其家属，虽多次申请对李宁进行取保候审，但都被拒绝。
时至今日，即2019年8月19日，李宁一案开庭，已经整整四年；同时，他个人失去自由，则已有5年零2个月的时间。
根据《刑事诉讼法》第二百零八条规定，“人民法院审理公诉案件，应当在受理后二个月以内宣判，至迟不得超过三个月。对于可能判处死刑的案件或者附带民事诉讼的案件，以及有本法第一百五十八条规定情形之一的，经上一级人民法院批准，可以延长三个月；因特殊情况还需要延长的，报请最高人民法院批准。”
2019年8月，一位接近案件的知情人士告诉经济观察网记者，每三个月，吉林松原法院要申请延期一次，迄今他们已经申请延期了15次以上，“《刑事诉讼法》虽然规定了审理期限，却没有规定可以具体延长的次数，这也是李宁案可以被拖延至今的原因之一。”
李宁一案，在学术界影响巨大。
2018年末2019年年初，沈国舫、任继周等15位中国工程院及中国科学院院士，联名致信最高人民法院院长周强，希望尽早审结李宁院士案。
1933年11月生于上海的沈国舫，为著名的林学家、林业教育家、森林培育学家，在学术界和教育界拥有崇高的声望。1951年，他被选派为新中国第一批公派留学生，到前苏联的列宁格勒林学院深造。学成后，回国任教。1986年至1993年担任北京林业大学校长。1993年当选为中国林学会理事长，1995年当选为中国工程院院士，1998年当选为中国工程院副院长，并担任全国第八、九届、十届政协委员。
此联名信在短时间内，曾引起较大关注，但随后又趋于平淡。
2019年7月14日，85岁的中国工程院原副院长、中国工程院院士沈国舫，投书媒体，就此案再度发声。沈国舫院士在信中呼吁，“司法界人士能挺身出来（就李宁一案）做出决断”。
8月19日，经济观察网记者致电吉林省松原中院，询问李宁案的进展情况，未获对方有效回应。
后附，沈国舫院士的信件摘录：
一个老院士对“李宁案件”的心声
李宁院士的案件已经拖了五年了。这期间我和其他几位老院士一起曾两次上书最高检、法当局，呼吁尽早了结此案。舆论界也曾在网上和刊物上为此多次发声，充分表示了同情，把案件的来龙去脉也都说清楚了。可是遗憾的是此案至今仍无着落。李宁继续羁押在监，浪费着他宝贵的学术生命。这是为什么？
李宁案件实质上是一件科研经费处置不当的事件。这么一个简单的案件，花了五年功夫还没查清楚，那就显得办案人员也太无能了吧！如果案情已清，而且法律条文，特别是加上习总书记2016年在两院院士大会上对此类经济问题已作了明确表态，最高检也有了新的司法解释之后，判案的根据应该是很清晰的，那么为什么还拖着判不下来呢？
我是一个85岁已有58年党龄的老院士，我的专业是森林培育和生态学，与李宁院士的动物生物工程的专业相距甚远。李宁当选院士时我已从副院长的岗位上下来了，平时与他接触不多。但我知道他是一个难得的人才，以一腔爱国热情，在美国留学学成后回国报效，在他的专业领域做出了很大成绩，享有国际声誉，也深得他的学生们的爱戴。他曾代表中国工程院的养殖业发展战略咨询项目向时任副总理的汪洋同志汇报。对这样一位相对年青的学者，即使他犯了错误（不是罪行）我们也要珍惜。我非常拥护习近平总书记领导的一系列反贪治腐的方针和行动。这是在为党治病，非常有效。我也可以理解在这么一场涉及到众多人和事的行动中，实际工作中出现一些差错在所难免。但如果真办错了，那就要勇于改正。我们必须还事物以本来面目，不能夹带私情或关系的考虑。我们不想包庇李宁。李宁如真有罪，只要证据确凿，他不认罪也可以判；如果证据不足或不足以定罪，那就无罪释放。不能因为哪位首长说过一句什么话而就不依法办事了。司法部门难道就缺一个敢于挺身而出，勇于承担责任依法办事的人了么？
我是一个老知识分子，没有多大能耐。但为了挽救人才，为了追求依法治国的理念，再次作此呼吁！希望得到社会上正直人士的响应，也希望司法界人士能挺身出来做出决断！
沈国舫
2019年7月14日
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